Początki osadnictwa na terenie gminy w okresie średniowiecza wiążą się nierozerwalnie z działalnością misyjną pierwszego biskupa Prus Christiana. Spisujący po 400 latach (w 1667 r.) archidiakon Ludwik Strzesz przytoczył słowa biskupa: "Od bierzmowania głów wprowadzamy nazwę Bierzgłowo". Potwierdzeniem tego wersu są wyniki badań archeologicznych - na terenie Bierzgłowa znaleziono jeden z najstarszych zabytków sztuki sakralnej na terenie północnej Polski, a mianowicie krzyżyk łączony z wpływami bizantyjskimi, mający wiele cech podobnych do krzyżyków rozdawanych na innych terenach neofitom.
We wsi Zamek Bierzgłowski, w miejscu gdzie znajduje się obecnie zamek, już na pocz. XIII w. istniały formy osadnicze. W okolicach tego miejsca znajdował się gród pruskiego wodza Pippina - pierwszej ofiary ekspansji Krzyżackiej na Ziemi Chełmińskiej. Zamek zbudowany w 1260 r. został zniszczony dwukrotnie w latach 1263 i 1277 w wyniku najazdu Litwinów i Jaćwięgów. Odbudowany, posiadał duże znaczenie strategiczne do 1414 r., kiedy w wyniku wojny polsko-krzyżackiej został poważnie zniszczony. Do 1929 r. zamek posiadał różnych właścicieli. W 1929 r. został zakupiony przez Kurię Biskupią Diecezji Chełmińskiej. Od 1946 r. do 1950 r. zamek był siedzibą ks. biskupa łuckiego Adolfa Szelążka. Znacjonalizowany w roku 1950 służył do roku 1991 jako dom pomocy społecznej. W roku 1992 został zwrócony Kościołowi i poddany gruntownemu remontowi. W 1994 r. na mocy dekretu biskupa diecezji toruńskiej, na terenie zamku utworzono Diecezjalne Centrum Kultury.
Przybycie na teren obecnej gminy Krzyżaków wiąże się z powstawaniem nowych wsi na prawie niemieckim. Pierwsze udokumentowane osady rycerskie to: Bierzgłowo (1232 r.), Przeczno (1251 r.), Biskupice (1251 r.), Pigża (1257 r.), Brąchnowo (1443 r.). Pigża stanowiła od 1345 r. własność szpitala p.w. Św. Ducha w Toruniu, a od 1415 - klasztoru benedyktynek w Toruniu. Od 1414 r. na własność miasta Torunia przeszła wieś Łubianka, a od 1434 r. wsie: Koryta i Leszcz. We wszystkich tych wsiach powołano urzędy sołtysów, co świadczy o randze tych wsi w ówczesnych czasach. W 1457 r. na mocy dekretu króla Kazimierza Jagiellończyka zostały nadane na własność Rady Miejskiej Torunia m.in. wsie Łubianka i Bierzgłowo, tworząc tzw. klucz bierzgłowski. Pozostała część obecnego terenu gminy trafiła w ręce patrycjuszy toruńskich w zamian za pożyczki udzielone królowi.
W ll poł. XVI w. dużą rolę na terenie ziemi chełmińskiej odegrała reformacja. Kościół w Bierzgłowie przejściowo trafił w ręce ewangelików. Pomyślny rozwój gospodarczy terenu po ll pokoju toruńskim (1466 r.) został przerwany w wyniku wojen szwedzkich, a następnie wojny północnej oraz epidemii dżumy z lat 1708-10. Działania wojenne i epidemia spowodowały znaczne straty - liczba mieszkańców spadła o 40%, praktycznie wszystkie zagrody zostały zniszczone. Dzięki polityce gospodarczej Rady Miasta Torunia wsie miejskie i wsie z klucza bierzgłowskiego osiągnęły w ll poł. XVIII w. poziom sprzed potopu szwedzkiego. W wyniku I rozbioru Polski, teren obecnej gminy znalazł się w zaborze pruskim. Na krótko w latach 1807-15 znalazł się na obszarze Księstwa Warszawskiego, aby ponownie trafić do zaboru pruskiego (do 21 stycznia 1921 r.). W okresie międzywojennym gmina Łubianka należała administracyjnie do powiatu toruńskiego i województwa pomorskiego.
Okres ll wojny światowej odcisnął się na terenie gminy masowymi wywłaszczeniami i wysiedleniem ludności polskojęzycznej. Niemcy wkroczyli na te tereny 6 – 7 września 1939 r. Niemcy przy pomocy miejscowego Selbstchutzu rozpoczęli eksterminację ludności polskiej poprzez wywłaszczenia i wysiedlenia. W miejsce wysiedlonych osadzano ludność niemieckojęzyczną z krajów bałtyckich i rumuńskiej Besarabii (stąd kolonistów nazywano „Besarabami”). 8 października 1939 r. Selbschutz zatrzymał wójta gminy Łubianka – Jana Podwojskiego i wraz z czterema innymi mieszkańcami gminy osadził w areszcie w Łubiance. Więźniowie zostali następnie rozstrzelani w lesie w okolicy Lulkowa. Obecnie, w wyniku reformy administracyjnej państwa, gmina Łubianka leży w reaktywowanym powiecie toruńskim, wchodzącym w skład województwa kujawsko-pomorskiego.